Hовый суперкомпьютер МГУ поможет составить геномный паспорт для каждого россиянина

Ученые МГУ планируют сократить время обработки данных по расшифровке генома человека до одного дня. Эту задачу поможет решить новый суперкомпьютер главного университета России.

Суперкомпьютер МГУ позволит проводить 500 триллионов операций в секунду. Это в десять раз больше, чем у работающего в настоящее время университетского суперкомпьютера «Чёбышев». С нетерпением введения в эксплуатацию нового суперкомпьютера ждут специалисты, занимающиеся проблемой генома человека, говорит заместитель директора Центра биоинженерии РАН Николай Равин:

"Расшифровка генома человека состоит из двух частей. Первое - это прочтение последовательности, своего рода определение букв в книге, это этап номер один. Он не имеет никакого отношения к суперкомпьютерам. А второй этап, на котором действительно нужен супекомпьютер, - это сборка полного текста генома человека из отдельных как бы слов, предложений и фраз. Это огромный объем вычислительной работы, - считает Николай  Равин. - Здесь суперкомпьютер является необходимым компонентом, и анализ данных производится на компьютере".

По словам ректора МГУ Виктора Садовничего, «развитие вычислительной техники привело к снижению затрат и сокращению времени расшифровки: с 2001 по 2007 год время расшифровки генома сократилось с 10 лет до 1 года, а затраты с 3 млрд долларов до 200 млн, в 2008 году - до 3 месяцев и до 2 млн долларов. Сейчас поставлена задача сократить сроки до одного дня, а затраты до одной тысячи долларов».

Сокращение стоимости и времени расшифровки генома - необходимое условие для развития индивидуальной медицины. Новый суперкомпьютер МГУ позволит составить для каждого человека свой геномный паспорт, поясняет замдиректора Центра биоинженерии Николай Равин:

" Геном человека, который был определен в 2001 году, - это некая общая вещь. А, например, у Вас геном отличается от моего. Геномный паспорт - это как книга, в которой есть опечатки. Эти опечатки могут определять предрасположенность к каким-то заболеваниям у человека - к раку, инфаркту, к чему угодно. Причем , у вас опечатки могут быть одни, а у меня - другие. Это называется индивидуальный генетический паспорт. Для этого нужно прочитать именно геном конкретного человека"

Составление индивидуальных генетических паспортов позволит выявлять и предотвращать развитие тяжелых наследственных заболеваний, что в конечном итоге и является целью изучения и расшифровки генома человека. Кроме того, обеспечит индивидуальный подход к лечению различных болезней, говорит заведующий лабораторией вычислительных систем и прикладных технологий программирования Научно-исследовательского вычислительного центра МГУ Владимир Сулимов: 

"Одна из задач, которая следует из расшифровки генома, заключается в следующем - надо научиться предсказывать по анализам человека, как его можно лечить от той или иной болезни, чтобы не было побочных эффектов. Одно из направлений это как раз применение суперкомпьютеров, для того чтобы решать эту задачу."

Новый суперкомпьютер МГУ заработает на полную мощность уже в первом квартале 2010 года. А в конце октября будет проведен экспериментальный запуск вычислительного оборудования.