В рамках заседания секции сотрудник физического факультета Александр Буглаков выступил с докладом «Особенности моделирования РНК и ДНК: крупнозернистое моделирование» и рассказал о результатах, полученных коллективом ученых физического и биологического факультетов. Исследование проводилось в рамках деятельности НОШ МГУ «Биология» с использованием ресурсов суперкомпьютерного центра МГУ.
Подробности работы рассказал один из авторов работы, профессор биологического факультета Алексей Шайтан: «Важным преимуществом методов молекулярного моделирования является возможность пронаблюдать динамику движения молекул и понять каким образом связаны их структура, состав, динамика и функции. Развитие методов суперкомпьютерного моделирования ДНК уже позволяет моделировать самосборку молекулярных комплексов, подбирать оптимальные последовательности ДНК, которые при взаимодействии будут формировать определенные структуры. Важной технологией в этой области являются так называемые методы огрубленного моделирования, в которых группы атомов представляются в виде отдельных частиц - это позволяет существенно ускорить расчеты. Такие подходы открывают возможности для рационального конструирования искусственных молекулярных систем в области науки, называемой динамической ДНК-нанотехнологией. В данной работе нам удалось продемонстрировать механизм сборки комплекса „kissing-loop" (целующихся петель) из двух молекул ДНК. Данный комплекс образуется при взаимодействии двух одинаковых молекул нуклеиновых кислот и похож на комплексы, которые используют вирусы для упаковки своего генетического материала».
